Das Leibniz-Institut für Ostseeforschung wurde 1992 auf Empfehlung des Wissenschaftsrates neu gegründet. Seine Vorgängereinrichtung war das Institut für Meereskunde Warnemünde, welches als Mitglied der Deutschen Akademie der Wissenschaften das zentrale Meeresforschungsinstitut der DDR war. Heute ist das IOW Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft (WGL). Seine Grundausstattung wird gemeinsam vom Bundesministerium für Bildung und Forschung und vom Bildungsministerium Mecklenburg-Vorpommern finanziert. Das Forschungsprogramm des IOW ist auf Küsten- und Randmeere mit besonderer Hinwendung zum Ökosystem Ostsee zugeschnitten. Direktor des IOW ist Prof. Dr. Ulrich Bathmann.