Die Forschung erfolgt entlang der gesamten Wertschöpfungskette der Land- und Ernährungswirtschaft. Ziele sind eine wettbewerbsfähige und multifunktionale Landwirtschaft, hochwertige Lebensmittel für eine gesunde Ernährung sowie eine intakte Umwelt. Dabei richtet sich die Forschungsanstalt auf die Bedürfnisse ihrer Leistungsempfänger aus.
Agroscope setzt sich mit sechs thematischen Schwerpunkten auseinander. Daraus leiten sich die Forschungsgebiete und Aufgaben von Agroscope ab. Die standortübergreifende, themenbezogene Forschung ist dabei zentral: Agroscope wird an der Gesamt-Leistung in den folgenden sechs Themenschwerpunkten gemessen: