Das Max-Planck-Institut für chemische Ökologiewurde im März 1996 von der Max-Planck-Gesellschaft gegründet. Die thüringische Stadt Jena wurde als Standort gewählt, weil hier mit der Friedrich-Schiller-Universität und zahlreichen außeruniversitären Forschungseinrichtungen bereits ein attraktives wissenschaftliches Umfeld vorhanden war. Vor allem die Ansiedlung des neu erbauten Instituts auf dem Beutenberg Campus mit der räumlichen Nähe zu weiteren biologisch-chemischen Instituten schafft das Potential für wissenschaftliche Kooperationen und den Aufbau von Netzwerken.
Am Institut arbeiten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus 34 verschiedenen Ländern. Neben den fünf Direktoren, die den wissenschaftlichen Abteilungen vorstehen, arbeiten am Institut rund 195 Wissenschaftler, darunter 108 Doktoranden und rund 25 Diplom-, Master- und Bacheloranwärter. Insgesamt sind rund 400 Personen am Institut beschäftigt (Stand März 2013).
Eine Kernaufgabe des Instituts ist die Ausbildung von jungen Wissenschaftlern in modernen Methoden der chemischen Ökologie. Dazu wurde das Graduiertenprogramm der International Max Planck Research Schoolins Leben gerufen, das hochqualifizierten Nachwuchswissenschaftlern die Möglichkeit gibt, in einem internationalen Umfeld ihre Studien zu vertiefen.